沙眼衣原体是出名的性传播致病菌，能引起急性或慢性感染。在男性表现为尿道炎、附睾睾丸炎和直肠炎；女性则表现力宫颈炎、前庭大腺炎、尿道综合征以及盆腔炎症性疾病。

　　衣原体的发病在规定报告的地方、在那些经常开展普查的高危人群中及有可靠实验室检查的地方较多。在西方工业化国家，这种普查相当普遍。衣原体是最常见的可治愈的性传播疾病。在美国每年报告起码有４００万病例，欧洲也起码有３００万病例。亚洲的数据不太完整,但也足以证明在男性和女性尿道炎致病菌中,衣原体要比淋球菌更为常见。